杨胜利教授长期从事抗菌素的研究，所研制的青霉素酰化酶工程菌，表达量高、稳定性好，超过了当时的国际先进水平。较早开展了分子药理学、微生生血红蛋白、蛇毒等基因研究，取得了一系列成果，为医药生物技术做出了重要贡献。近年来主要从事功能基因组研究。