多年来，项坤三教授在糖尿病研究方面取得了一系列成果：1991年与Graeme Bell一起首先将青年早发糖尿病的第一个基因（MODY1）定位于20号染色体；1998年起率先在我国开展糖尿病分子病因学研究，首先发现中国人线粒体基因突变糖尿病，确定了其在中国人中的患病率，并将基因诊断技术用于临床。进行MODY基因筛选，发现中国人MODI突变家系。发现两个与中国人2型糖尿病呈显著及高度显著连锁的2型糖尿病易感基因位点；对中国人2型糖尿病及相关代谢综合征研究中首次提出中国人2型糖尿病者的体脂分布特征及中国人糖兴奋后胰岛素分泌的特点。对2型糖尿病及其并发症进行了38个候选基因关联研究，见到基因间协同作用对临床表型的影响。在以上基础上不断完善临床糖尿病病因诊断、代谢监控及防治体系。研究成果获省、部及国家级科技进步奖11项。发表论文218篇，SCI收录16篇，被180篇论文引用。1981，1990年获上海市劳动模范；1983年获全国卫生先进工作者；1990年获人事部中青年突出贡献专家及全国五一劳动奖章；2003年获上海市医学荣誉奖。2003年当选为中国工程院院士。